Образец для цитирования:
Филогенетика и географическое распространение скальных ящериц (Lacertidae, Reptilia) на горной системе Эльбурс
Скальные ящерицы из рода Darevskia давно стали модельным объектом для изучения эволюции рептилий. Для понимания направлений и механизмов эволюции в этой группе важно знать, каким образом распространены обоеполые и партеногенетические виды в рамках данного рода. Ареалы кавказских видов скальных ящериц изучены давно и подробно, однако внимание к видам, обитающим на территории Ирана, было привлечено относительно недавно после описания нескольких новых в 2013 г. В рамках продолжения этих исследований была проведена работа по изучению распространения и генетического разнообразия пяти видов ящериц рода Darevskia вдоль горного хребта Эльбурс в Иране: D. chlorogaster, D. caspica, D. defilippii, D. schaekeli и D. raddei. В ходе этой работы были обнаружены новые места обитания D. defilippii, находящиеся за пределами известного для них ареала. Были оценены филогенетические отношения между изучаемыми видами по участку ND4 – тРНК Leu митохондриальной ДНК и обнаружен сравнительно высокий уровень генетической изменчивости у видов D. defilippii и D. chlo-rogaster, в то время как D. raddei, несмотря на широкое распространение, обладает низкой изменчивостью. В целом филогенетическое положение изученных видов несколько отличается от того, что было описано в работе Ahmadzadeh et al. (2013).
Ahmadzadeh F., Flecks M., Carretero M. A., Mozaffari O., Böhme W., Harris D. J., Freitas S., Rödder D. Cryptic speciation patterns in Iranian rock lizards uncovered by integrative taxonomy. PLoS ONE, 2013, vol. 8, no. 12, article no. e80563. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0080563
Arevalo E., Davis S. K., Sites Jr. J. W. Mitochondrial DNA sequence divergence and phylogenetic relationships among eight chromosome races of the Sceloporus grammicus complex (Phrynosomatidae) in central Mexico. Systematic Biology, 1994, vol. 43, no. 3, pp. 387–418. https://doi.org/10.1093/sysbio/ 43.3.387
Beck H. E., Zimmermann N. E., McVicar T. R., Vergopolan N., Berg A., Wood E. F. Present and future köppen-geiger climate classification maps at 1-km resolution. Scientific Data, 2018, vol. 5, iss. 1, pp. 1–12. https://doi.org/10.1038/ sdata.2018.214
Bensasson D., Zhang D. X., Hartl D. L., Hewitt G. M. Mitochondrial pseudogenes: Evolution’s misplaced witnesses. Trends in Ecology and Evolution, 2001, vol. 16, iss. 6, pp. 314–321. https://doi.org/10.1016/S0169-5347(01)02151-6
Breckle S. W. Salt deserts in Iran and Afghanistan. Sabkha Ecosystems, 2002, vol. 1, pp. 109–122.
Cherlet M., Hutchinson C., Reynolds J., Hill J., Sommer S., von Maltitz G. World Atlas of Desertification. Luxembourg, Publication Office of the European Union, 2018. 252 p. https://doi.org/10.2760/06292
Chow S., Yanagimoto T., Takeyama H. Detection of heteroplasmy and nuclear mitochondrial pseudogenes in the Ja-panese spiny lobster Panulirus japonicus. Scientific Reports, 2021, vol. 11, iss. 1, article no. 21780. https://doi.org/10.1038/ s41598-021-01346-8
Darevsky I. S. Rock Lizards of the Caucasus: Systema-tics, Ecology, and Phylogenesis of the Polymorphic Groups of Caucasian Rock Lizards of the Subgenus Archaeolacerta. Le-ningrad, Nauka, 1967. 214 p. (in Russian).
Doherty T. S., Balouch S., Bell K., Burns T. J., Feldman A., Fist C., Garvey T. F., Jessop T. S., Meiri S., Driscoll D. A. Reptile responses to anthropogenic habitat modification: A global meta-analysis. Global Ecology and Biogeography, 2020, vol. 29, iss. 7, pp. 1265–1279. https://doi.org/10.1111/geb.13091
Dutton P. H., Davis S. K., Guerra T., Owens D. Molecular phylogeny for marine turtles based on sequences of the ND4-leucine tRNA and control regions of mitochondrial DNA. Molecular Phylogenetics and Evolution, 1996, vol. 5, iss. 3, pp. 511–521. https://doi.org/10.1006/mpev.1996.0046
Erasmus B. F. N., Van Jaarsveld A. S., Chown S. L., Kshatriya M., Wessels K. J. Vulnerability of South African ani-mal taxa to climate change. Global Change Biology, 2002, vol. 8, iss. 7, pp. 679–693. https://doi.org/10.1046/j.1365-2486.2002.00502.x
Freitas S., Rocha S., Campos J., Ahmadzadeh F., Corti C., Sillero N., Ilgaz C., Kumlutaş Y., Arakelyan M., Harris D. J., Carretero M. A. Parthenogenesis through the ice ages: A biogeographic analysis of Caucasian rock lizards (genus Darevskia). Molecular Phylogenetics and Evolution, 2016, vol. 102, pp. 117–127. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2016.05.035
Heshmati G. A. Vegetation characteristics of four ecological zones of Iran. International Journal of Plant Production, 2007, vol. 1, no. 2, pp. 215–224.
Huelsenbeck J. P., Ronquist F. MRBAYES: Bayesian inference of phylogenetic trees. Bioinformatics, 2001, vol. 17, no. 8, pp. 754–755.
Jafari S. M., Zarre S., Alavipanah S. K. Woody species diversity and forest structure from lowland to montane forest in Hyrcanian forest ecoregion. Journal of Mountain Science, 2013, vol. 10, iss. 4, pp. 609–620. https://doi.org/10.1007/s11629-013-2652-2
Kabir S., Shahriar M., Kabir A. H., Uddin M. G. High salt SDS-based method for the direct extraction of genomic DNA from three different gram-negative organisms. CDR, 2006, vol. 1, no. 2, pp. 57–64.
Kalyaanamoorthy S., Minh B. Q., Wong T. K., Von Haeseler A., Jermiin L. S. ModelFinder: Fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nature Methods, 2017, vol. 14, no. 6, pp. 587–589. https://doi.org/10.1038/nmeth.4285
Lanfear R., Calcott B., Ho S. Y., Guindon S. Partitionfinder: Combined selection of partitioning schemes and substitution models for phylogenetic analyses. Molecular Biology and Evolution, 2012, vol. 29, iss. 6, pp. 1695–701. https://doi.org/10.1093/molbev/mss020
Minh B. Q., Nguyen M. A. T., Von Haeseler A. Ultrafast Approximation for phylogenetic bootstrap. Molecular Biology and Evolution, 2013, vol. 30, iss. 5, pp. 1188–1195. https://doi.org/10.1093/molbev/mst024
Naqinezhad A., Hamzeh’ee B., Attar F. Vegetation–envi-ronment relationships in the alderwood communities of Caspian lowlands, N. Iran (toward an ecological classification). Flora: Morphology, Distribution, Functional Ecology of Plants, 2008, vol. 203, iss. 7, pp. 567–577. https://doi.org/10.1016/j.flora.2007.09.007
Nguyen L. T., Schmidt H. A., von Haeseler A., Minh B. Q. IQ-TREE: A Fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Molecular Biology and Evolution, 2015, vol. 32, iss. 1, pp. 268–274. https://doi.org/10.1093/ molbev/msu300
Olson D. M., Dinerstein E., Wikramanayake E. D., Burgess N. D., Powell G. V. N, Underwood E. C., D’Amico J. A., Itoua I., Strand H. E., Morrison J. C., Loucks C. J., Allnutt T. F., Ricketts T. H., Kura Y., Lamoreux J. F., Wettengel W. W., He-dao P., Kassem K. R. Terrestrial ecoregions of the world: A new map of life on Earth. BioScience, 2001, vol. 51, pp. 933–938. https://doi.org/10.1641/0006-3568(2001)051[0933:TEOTWA] 2.0.CO;2
Peck L. S., Clark M. S., Morley S. A., Massey A., Rossetti H. Animal temperature limits and ecological relevance: Effects of size, activity and rates of change. Functional Ecology, 2009, vol. 23, iss. 2, pp. 248–256. https://doi.org/10.1111/ j.1365-2435.2008.01537.x
Perry G., Buchanan B. W., Fisher R. N., Salmon M., Wise S. E. Effects of artificial night lighting on amphibians and reptiles in urban environments. Urban Herpetology, 2008, vol. 3, pp. 239–256.
Peterson D. L., Gleisner J. M., Blakley R. L. Bovine liver dihydrofolate reductase. Purification and properties of the enzyme. Biochemistry, 1975, vol. 14, no. 24, pp. 5261–5267. https://doi.org/10.1021/bi00695a005
Rambaut A., Drummond A. J., Xie D., Baele G., Suchard M. A. Posterior Summarization in Bayesian Phylogenetics Using Tracer 1.7. Systematic Biology, 2018, vol. 67, no. 5, pp. 901–904. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy032
Rastegar-Pouyani E., Rastegar-Pouyani N., Hosseinian Yousefkhani S. S., Arab M. Rediscovery of Darevskia steineri (Eiselt, 1995) (Sauria: Lacertidae) from Iran. Russian Journal of Herpetology, 2013, vol. 20, no. 1, pp. 36–38. https://doi.org/10.30906/ 1026-2296-2013-20-1-36-38
Ronquist F., Huelsenbeck J. P. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics, 2003, vol. 19, no. 12, pp. 1572–1574. https://doi.org/10.1093/ bioinformatics/btg180
Safaei-Mahroo B., Ghaffari H., Fahimi H., Yazdanian S., Majd E., Rezazadeh S., Hosseinzadeh M., Nasrabadi R., Rajabizadeh M., Mashayekhi M., Motesharei A., Nader A., Kazemi S. The herpetofauna of Iran: Checklist of taxonomy, distribution and conservation status. Asian Herpetological Research, 2015, vol. 6, no. 4, pp. 257–290. https://doi.org/10.16373/ j.cnki.ahr.140062
Simmons A. M., Narins P. M. Effects of anthropogenic noise on amphibians and reptiles. In: Effects of Anthropogenic Noise on Animals. New York, Springer, 2018, vol. 66, pp. 179–208. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8574-6_7
Yousefi M., Khani A., Eslahi H., Hosseinian Yousefk-hani S. S. Easternmost record of Darevskia defilippii (Came-rano, 1877) from Qarchaqe Protected Area, Kopet Dagh Mountains, northeastern Iran. L@certidae, 2013, vol. 9, pp. 160–163
